Родился в Минске. В 1924-1929 гг. учился на педагогическом факультете БГУ, одновременно работал лаборантом в Коммунистическом институте Белоруссии им. B.И.Ленина (так в эти годы называлась Высшая партийная школа). В 1929-1936 гг. - научный сотрудник, заведующий отделом заработной платы и технико-научного нормирования труда Всесоюзного центрального научно-исследовательского института охраны труда ВЦСПС. В 1936 - 1941 гг. - старший научный сотрудник, заместитель директора по научной части Института экономики Академии наук БССР. Защитил кандидатскую диссертацию. В 1938 г. заочно окончил Московский плановый институт Госплана СССР.
В годы Великой Отечественной войны добровольцем ушел на фронт. Воевал в составе войск Калининского фронта в ходе Московской битвы, был ранен, вернулся в строй. Был политруком роты, комиссаром батальона, заместителем командира стрелкового полка по политчасти. В составе войск Западного фронта (с апреля 1944 г. - Третьего Белорусского) участвовал в наступательных операциях 1943-1944 г., вновь был ранен и вернулся в строй.
После освобождения Минска в 1944 -1946 гг. работал лектором Политуправления Белорусского военного округа. В 1946 г. был назначен директором Института экономики АН БССР. В 1947-1953 гг. работал в ЦК КП (б) Б: заместитель начальника управления пропаганды и агитации, заведующий отделом плановых, финансовых и торговых органов.
С августа 1953 г. по 1965 г. - Председатель Госплана БССР, одновременно в 1955-1959 гг. - заместитель Председателя Совета Министров БССР. С 1964 г. по совместительству возглавлял кафедру планирования народного хозяйства БГИНХ.
В 1965-1969 гг. работал ректором БГИНХ имени В.В.Куйбышева. Продолжил работу по укрупнению и качественному росту вуза. В эти годы началось строительство студенческого городка. Ректор лично заложил камень в фундамент учебного корпуса - первого высотного здания на Могилевском шоссе (теперь - Партизанский пр., д. 26). В феврале 1966 г. С.Н.Малинин защитил докторскую диссертацию в Институте экономики Академии наук СССР по проблемам рациональной организации труда и управления, в 1967 г. - присвоено звание профессора. Внес весомый вклад в белорусскую науку. Лично им и в соавторстве написаны «Экономика Белорусской ССР и перспективы ее развития» (1960), «Народное хозяйство Белоруссии на современном этапе» (1964), он стал одним из редакторов учебного пособия «Экономическая история БССР» (1969).
В 1969-1972 гг. работал заведующим кафедрой политической экономии БГУ имени B.И. Ленина. Награжден двумя орденами Трудового Красного Знамени, орденом Красной Звезды, тремя медалями. Умер и похоронен в Минске.