Родился в 1896 г. в деревне Оносово Никологородского уезда Владимирской губернии в крестьянской семье. В годы Первой мировой войны служил рядовым в самокатном батальоне в Петрограде. Окончил школу прапорщиков в Москве.
В конце 1917 г. вернулся на родину, где был избран членом волостного совета крестьянских депутатов. Работал заместителем председателя уездного исполкома в Ивановской, затем Владимирской губерниях.
В 1918 г. вступил в партию большевиков. В годы Гражданской войны был начальником штаба бригады.
В 1921 г. был направлен на Северный Кавказ, где работал заместителем наркома внутренних дел Горской АССР (г. Владикавказ). В 1922-1924 гг. из этой республики были выделены автономные округа, затем автономные области. Председателем совета рабочих и крестьянских депутатов одной из них ((вероятнее всего, Ингушской) Ф.С.Мигунов работал в 1923-1928 гг.
С 1929 г. - на учебе в Москве: в 1931 г. окончил Сельскохозяйственную академию имени К.А. Тимирязева, в 1933 г. - Институт красной профессуры. Затем был направлен на работу в Минск.
С 1934 по 1939 г. работал в Народном комиссариате земледелия БССР, Управлении народнохозяйственного учета Госплана БССР, где отвечал за ведение учета и контроля в сельском хозяйстве республики.
В августе 1939 г. был назначен заведующим кафедрой политэкономии БГИНХ им. B.В.Куйбышева. С 17 сентября 1940 г. по 24 июня 1941 г. - директор института.
После освобождения Минска от фашистских оккупантов Ф.С.Микунов входил в состав государственной комиссии по оценке ущерба, нанесенного институту. Переехал в Латвийскую ССР, где преподавал в одном из вузов. Дата и место смерти не установлены.